拼多多商家如果遇到被扣運費的情況，可以通過以下步驟進行申訴：

1. 登錄拼多多商家后臺：需要登錄拼多多商家后臺，找到相關訂單或交易記錄。

2. 查看訂單詳情：在訂單詳情頁面，仔細閱讀訂單描述和相關條款，確保自己沒有違反平臺規(guī)則。如果有異議，可以在此階段提出申訴。

3. 提交申訴申請：在訂單詳情頁面，點擊“申訴”按鈕，按照提示填寫申訴理由和證據材料。確保申訴內容真實、合理，并提供相關證據支持。

4. 等待審核：提交申訴后，平臺會對申訴內容進行審核。審核時間可能較長，請耐心等待。在此期間，保持與平臺的良好溝通，以便及時了解申訴進度。

5. 跟進處理結果：一旦申訴通過，平臺會通知商家處理結果。根據平臺要求，可能需要補交運費、退款等操作。請按照平臺指引完成相應操作。

6. 學習經驗：無論申訴結果如何，都應從中吸取教訓，改進自己的經營策略，避免類似問題再次發(fā)生。

以上步驟僅供參考，具體操作可能會因平臺政策變化而有所不同。建議在遇到問題時，及時咨詢平臺客服或尋求專業(yè)法律意見。