在處理商家協(xié)商一致退款運費的問題時，我們需要依據(jù)《中華人民共和國民法典》的相關(guān)規(guī)定來分析責任歸屬。根據(jù)民法典第五百零九條，當事人應當按照約定全面履行自己的義務。此外，第五百七十七條規(guī)定了當事人一方不履行合同義務或履行合同義務不符合約定時，應當承擔繼續(xù)履行、采取補救措施或者賠償損失等違約責任。

進一步地，第五百八十三條明確了當事人一方因第三人原因造成違約時，可以向?qū)Ψ街鲝堖`約責任的權(quán)利。第五百八十四條則規(guī)定了違約金制度，即當事人可以約定一方違約時應當支付的違約金。第五百八十五條則提供了定金制度，允許當事人在合同中約定定金條款。

綜合以上法律條文，我們可以得出結(jié)論：如果消費者和商家之間達成了退款協(xié)議，并且雙方均同意由商家承擔退貨運費，那么商家應當按照協(xié)議內(nèi)容承擔相應的運費責任。如果商家未按協(xié)議履行，消費者有權(quán)要求其承擔違約責任，包括支付退貨運費。

因此，如果消費者與商家協(xié)商一致，決定由商家承擔退貨運費，那么這一決定應當在退款協(xié)議中得到明確體現(xiàn)，并得到雙方的同意。如果商家未能履行這一協(xié)議，消費者可以依法要求商家承擔相應的違約責任，包括但不限于支付退貨運費。