首先，說到弊端，真實(shí)性和合規(guī)性仍然是第三方支付機(jī)構(gòu)最大的短板。

一是由于跨境電子商務(wù)交易信息以電子形式進(jìn)行傳遞，而電子單證可被不留痕跡地輕易篡改，因此無紙化和虛擬化導(dǎo)致了交易真實(shí)性審核的困難。

二是跨境電子商務(wù)的模式和資金收支比較靈活分散，如小包、快遞等國際物流，無法取得海關(guān)報(bào)關(guān)單等合法憑證，缺乏與資金流相匹配的貨物流數(shù)據(jù)，因此增加了外匯監(jiān)管的難度。

三是跨境業(yè)務(wù)不僅要符合中國相關(guān)部門的監(jiān)管要求，更要兼顧目標(biāo)市場當(dāng)?shù)卣姆煞ㄒ?guī)、金融監(jiān)管與反洗錢政策。

僅合規(guī)操作這一項(xiàng)，支付機(jī)構(gòu)跨境業(yè)務(wù)要滿足國際反洗錢要求，就得斥資購買不少第三方機(jī)構(gòu)的反洗錢黑名單。

然而，隨著支付機(jī)構(gòu)外匯結(jié)算業(yè)務(wù)的放開，必然有一小撮人利用虛擬交易、螞蟻搬家等方式通過支付平臺變相洗錢或者向境內(nèi)外轉(zhuǎn)移資金。

其次，受限于單筆5萬美金和現(xiàn)行外管制度，目前第三方支付機(jī)構(gòu)一般不涉及跨境B2B支付結(jié)算，外管局許可跨境外匯支付試點(diǎn)的第三方支付機(jī)構(gòu)開展B2C支付業(yè)務(wù)，而B2B仍屬于傳統(tǒng)銀行的業(yè)務(wù)。

自建B2B平臺僅可以實(shí)現(xiàn)線上收單，線上完成支付及購匯的流程目前還不完善，企業(yè)間的跨境支付實(shí)際上大部分都是線下去做的。

另外，與傳統(tǒng)國際結(jié)算有統(tǒng)一的國際慣例（例如UCP600、URC522）不同，各電商平臺的跨境支付規(guī)則都是由各自平臺制定的，而且不時(shí)有修改，需要賣家實(shí)時(shí)留意。

比如，物流方式必須是平臺指定的快遞方式（如DHL、UPS、FedEx等）、不支持海運(yùn)的物流方式等。

不同平臺的收款時(shí)間也各不相同，很多平臺都設(shè)定了買家保護(hù)期，甚至設(shè)置“預(yù)留款”，這種收款時(shí)間的規(guī)定，導(dǎo)致賣家的收款時(shí)間比較長，影響了貨款的資金周轉(zhuǎn)速度。

最后，第三方跨境結(jié)算通道受制于境內(nèi)機(jī)構(gòu)在境外的影響力有限，境外用戶還是習(xí)慣于使用認(rèn)可度較高的信用卡、當(dāng)?shù)劂y行或其他當(dāng)?shù)刂Ц豆ぞ?，因此?yīng)用推廣是難點(diǎn)。

總體而言，即使線上達(dá)成訂單交易，B2B業(yè)務(wù)整個(gè)結(jié)算體系仍然十分傳統(tǒng)、煩瑣，因金額較大，很難適用電子商務(wù)通常“先款后貨”的方式，仍須沿用傳統(tǒng)的銀行增信結(jié)算如信用證、保理、T/T等，并輔以合同、發(fā)票、報(bào)關(guān)單等單證銀行結(jié)匯，尚未實(shí)現(xiàn)國際貿(mào)易結(jié)算的線上化。