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最近在掃盲測序的一些知識 其中需要安裝一些軟件進行練習，如質(zhì)控的fastqc，然后需要用conda來配置環(huán)境變量和安裝軟件。記錄一下方便后續(xù)查閱學習

1.安裝miniconda

由于我的電腦之前已經(jīng)安裝了brew，所以我就直接用brew安裝了

brew install miniconda

安裝完成之后會有successful的提示

2. 查看miniconda是否安裝成功

conda -V 檢測是否安裝成，如果成功會出現(xiàn)版本信息 如果出現(xiàn)command not found之類的命令，那么需要配置環(huán)境變量 解決方法： (1) vim ~/.zshrc 進入環(huán)境變量配置文件（本人使用的sh是zsh） (2) .zshrc中添加export PATH=$PATH:/Users/yangshengyu/miniconda3/bin (3) source ~/.zshrc

3.使用miniconda

1）創(chuàng)建python虛擬環(huán)境 用法：

conda create -n env_name package_name

例子：

conda create -n my_env python=3.6

2）激活虛擬環(huán)境

conda activate my_env

執(zhí)行后報錯：conda activate parth usage: conda [-h] [–no-plugins] [-V] COMMAND … conda: error: argument COMMAND: invalid choice: ‘a(chǎn)ctivate’ (choose from ‘clean’, ‘compare’, ‘config’, ‘create’, ‘info’, ‘init’, ‘install’, ‘list’, ‘notices’, ‘package’, ‘remove’, ‘uninstall’, ‘rename’, ‘run’, ‘search’, ‘update’, ‘upgrade’, ‘build’, ‘convert’, ‘debug’, ‘develop’, ‘doctor’, ‘index’, ‘inspect’, ‘metapackage’, ‘render’, ‘skeleton’, ‘verify’, ‘content-trust’, ‘repo’, ‘env’, ‘token’, ‘server’, ‘pack’) 谷歌了一下發(fā)現(xiàn)是因為我用的brew安裝，環(huán)境變量設置并不在.zshrc文件中，因此需要進行： ①conda Initialisation

conda init zsh

執(zhí)行之后終端會顯示系統(tǒng)修改列表并且在.zshrc中可以看到conda initialize

②重啟終端

zsh -l

③重新創(chuàng)建新環(huán)境然后激活

conda create -n my_env python=3.6

conda activate my_env

就可以成功使用了

3）退出虛擬環(huán)境

conda deactivate

4）查看當前所有的虛擬環(huán)境

conda env list

5）刪除虛擬環(huán)境

conda remove -n my_env --all

6）克隆虛擬環(huán)境

conda create -n new_env --clone my_env

7）在激活的環(huán)境中安裝一個軟件包

conda install package_name

8）從環(huán)境中刪除一個軟件包

conda remove package_name

9）安裝指定版本的包

conda install package_name=version

4.conda換源

conda config --show # 顯示當前 conda 配置

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ # 添加清華源的免費倉庫

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ # 添加清華源的主要倉庫

conda config --set show_channel_urls yes # 顯示添加的所有倉庫地址

長腿猴子請來的救兵 寫于2023年11月12日 一個陽光很好的下午

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